Zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej – termin 14 dni i prawa podatnika

Zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej – termin 14 dni i prawa podatnika

Otrzymanie protokołu kontroli podatkowej, w którym urząd skarbowy wskazuje nieprawidłowości w rozliczeniach, nie oznacza, że podatnik musi zgodzić się z ustaleniami kontrolujących. Przepisy Ordynacji podatkowej przewidują możliwość przedstawienia zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu kontroli.

Jest to istotny etap ochrony interesów podatnika, zwłaszcza gdy organ kwestionuje prawo do odliczenia podatku VAT, rozliczenie kosztów uzyskania przychodów, wysokość przychodów lub prawidłowość zastosowanej stawki podatkowej.

Na złożenie zastrzeżeń podatnik ma co do zasady 14 dni od dnia doręczenia protokołu kontroli.

Czym jest protokół kontroli podatkowej?

Protokół kontroli podatkowej jest dokumentem przedstawiającym przebieg kontroli oraz ustalenia dokonane przez kontrolujących.

Powinien zawierać informacje określone w art. 290 Ordynacji podatkowej, w tym zakres kontroli, opis dokonanych ustaleń faktycznych, dokumentację przeprowadzonych dowodów oraz ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli.

W praktyce protokół może wskazywać nieprawidłowości, które zdaniem organu wystąpiły w rozliczeniach podatnika.

Nie jest on jednak decyzją podatkową określającą wysokość zobowiązania podatkowego. Z tego względu podatnik nie wnosi od niego odwołania na zasadach właściwych dla decyzji podatkowych.

Jeżeli nie zgadza się z ustaleniami kontroli, może przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia.

Ile czasu jest na złożenie zastrzeżeń do protokołu kontroli podatkowej?

Zgodnie z art. 291 § 1 Ordynacji podatkowej kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu kontroli, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując jednocześnie stosowne wnioski dowodowe.

Termin ten liczy się według zasad określonych w Ordynacji podatkowej.

Przy obliczaniu terminu nie uwzględnia się dnia doręczenia protokołu. Jeżeli ostatni dzień terminu przypada na sobotę albo dzień ustawowo wolny od pracy, termin zasadniczo upływa następnego dnia, który nie jest takim dniem.

Przykład

Przedsiębiorca otrzymał protokół kontroli podatkowej 5 października 2026 r. Termin na przedstawienie zastrzeżeń rozpoczyna bieg 6 października i upływa 19 października 2026 r.

W praktyce należy każdorazowo ustalić rzeczywistą datę skutecznego doręczenia dokumentu, zwłaszcza gdy korespondencja jest doręczana elektronicznie lub pełnomocnikowi.

Co powinny zawierać zastrzeżenia do protokołu kontroli?

Prawidłowe zastrzeżenia powinny odnosić się do konkretnych ustaleń organu podatkowego.

Nie wystarczy samo stwierdzenie, że podatnik nie zgadza się z wynikiem kontroli. Warto wskazać, jakie ustalenia są kwestionowane, dlaczego podatnik uważa je za nieprawidłowe oraz jakie dowody potwierdzają jego stanowisko.

W szczególności zastrzeżenia mogą obejmować:

• oznaczenie kontrolowanego i organu prowadzącego kontrolę;
• wskazanie protokołu kontroli oraz daty jego doręczenia;
• określenie ustaleń, z którymi podatnik się nie zgadza;
• przedstawienie zarzutów dotyczących błędów faktycznych lub prawnych;
• uzasadnienie stanowiska podatnika;
• wskazanie dokumentów i innych dowodów;
• sformułowanie wniosków dowodowych.

W zależności od charakteru sprawy konieczne może być powołanie właściwych przepisów ustaw podatkowych, interpretacji indywidualnych, interpretacji ogólnych lub orzecznictwa sądów administracyjnych.

Jakie błędy w protokole kontroli można zakwestionować?

Nieprawidłowe ustalenie stanu faktycznego

Kontrolujący mogą błędnie odczytać treść umowy, pominąć określone dokumenty albo przyjąć niepełny obraz przebiegu transakcji gospodarczej.

Przykładowo organ może zakwestionować rzeczywisty charakter usługi, mimo że podatnik posiada dokumenty potwierdzające jej wykonanie.

Pominięcie istotnych dowodów

Istotne znaczenie mogą mieć faktury, umowy, korespondencja handlowa, potwierdzenia zapłaty, dokumenty magazynowe oraz inne materiały potwierdzające rzeczywisty przebieg zdarzeń.

Jeżeli organ nie odniósł się do ważnych dowodów, warto wskazać to w zastrzeżeniach i wyjaśnić ich znaczenie dla sprawy.

Błędna interpretacja przepisów

Spory dotyczące kontroli podatkowych często wynikają z odmiennej oceny skutków podatkowych określonych transakcji.

Przykładowo mogą dotyczyć prawa do odliczenia VAT, kwalifikacji wydatku jako kosztu uzyskania przychodów czy właściwego momentu rozpoznania przychodu.

Niewłaściwa ocena transakcji

Kontrolujący mogą przypisać określonemu zdarzeniu gospodarczemu inne skutki podatkowe, niż wynikają one z jego rzeczywistego charakteru.

W takich sytuacjach konieczna może być pogłębiona analiza dokumentacji oraz przepisów właściwych dla danej transakcji.

Czy urząd skarbowy musi odpowiedzieć na zastrzeżenia?

Tak. Zgodnie z art. 291 § 2 Ordynacji podatkowej kontrolujący mają obowiązek rozpatrzyć wniesione zastrzeżenia i w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia.

W zawiadomieniu należy wskazać w szczególności, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym.

Nie oznacza to oczywiście, że organ ma obowiązek zgodzić się ze stanowiskiem podatnika. Musi jednak odnieść się do wniesionych zastrzeżeń zgodnie z wymaganiami ustawowymi.

Co się stanie, jeżeli podatnik nie złoży zastrzeżeń?

Zgodnie z art. 291 § 3 Ordynacji podatkowej niezłożenie wyjaśnień lub zastrzeżeń w ustawowym terminie oznacza, że przyjmuje się, iż kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli.

Nie należy jednak utożsamiać tego skutku z automatycznym powstaniem zobowiązania podatkowego w wysokości wskazanej w protokole albo definitywną utratą możliwości obrony w późniejszym postępowaniu.

Jeżeli organ wszczyna następnie postępowanie podatkowe i wydaje decyzję, podatnik może korzystać z uprawnień procesowych właściwych dla tego postępowania.

Z praktycznego punktu widzenia warto jednak przedstawić swoje argumenty możliwie wcześnie, jeszcze na etapie kontroli podatkowej.

Czy po otrzymaniu protokołu kontroli trzeba skorygować deklarację?

Samo doręczenie protokołu kontroli nie oznacza automatycznie obowiązku zaakceptowania ustaleń kontrolujących i złożenia korekty deklaracji.

Podatnik powinien przeanalizować wskazane nieprawidłowości oraz ustalić, czy rzeczywiście doszło do błędu w rozliczeniu podatkowym.

Jeżeli zgadza się z ustaleniami organu, może być zasadne skorygowanie odpowiednich rozliczeń, z uwzględnieniem przepisów dotyczących prawa do korekty deklaracji.

Jeżeli natomiast nie zgadza się z ustaleniami, powinien rozważyć przedstawienie zastrzeżeń lub wyjaśnień.

Protokół kontroli podatkowej a wynik kontroli celno-skarbowej – jaka jest różnica?

Należy odróżnić kontrolę podatkową prowadzoną na podstawie Ordynacji podatkowej od kontroli celno-skarbowej prowadzonej według przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej.

W przypadku kontroli podatkowej podstawowe znaczenie ma protokół kontroli i możliwość przedstawienia zastrzeżeń zgodnie z art. 291 Ordynacji podatkowej.

Natomiast w typowej kontroli celno-skarbowej dotyczącej przestrzegania przepisów prawa podatkowego sporządzany jest wynik kontroli, a dalsze uprawnienia podatnika określają przepisy ustawy o KAS.

Zgodnie z art. 82 ust. 3 ustawy o KAS podatnik może, w przewidzianym tam terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, złożyć deklarację lub jej korektę, jeżeli zgadza się w całości albo w części ze stwierdzonymi nieprawidłowościami.

Nie należy zatem stosować automatycznie zasad dotyczących zastrzeżeń do protokołu kontroli podatkowej do wyniku kontroli celno-skarbowej.

Co zrobić, gdy urząd skarbowy nie uwzględni zastrzeżeń?

Nieuwzględnienie zastrzeżeń nie musi oznaczać zakończenia możliwości kwestionowania stanowiska organu.

Jeżeli w dalszej kolejności zostanie wszczęte postępowanie podatkowe i wydana niekorzystna decyzja pierwszej instancji, podatnik może co do zasady wnieść odwołanie w terminie 14 dni od jej doręczenia.

Szczegółowe informacje znajdują się w artykule Odwołanie od decyzji podatkowej – termin 14 dni i procedura.

W zależności od przebiegu sprawy możliwe jest następnie skierowanie sporu do wojewódzkiego sądu administracyjnego.

Pomoc doradcy podatkowego przy kontroli podatkowej – Bydgoszcz i cała Polska

Sporządzenie zastrzeżeń do protokołu kontroli podatkowej wymaga nie tylko znajomości przepisów, ale również szczegółowej analizy ustaleń kontrolujących, zgromadzonego materiału dowodowego oraz dokumentacji podatnika.

Kancelaria Doradztwa Podatkowego Pawła Wysińskiego w Bydgoszczy zapewnia pomoc przedsiębiorcom, spółkom oraz osobom fizycznym w sprawach związanych z kontrolami i postępowaniami podatkowymi.

Zakres wsparcia może obejmować analizę protokołu kontroli, ocenę zasadności ustaleń organu, opracowanie argumentacji prawno-podatkowej, przygotowanie zastrzeżeń oraz reprezentację podatnika w dalszym postępowaniu.

Więcej informacji o zakresie usług znajduje się na stronie Kontrole i postępowania podatkowe.

Jeżeli otrzymałeś protokół kontroli podatkowej i nie zgadzasz się z jego ustaleniami, skontaktuj się z kancelarią. Warto przekazać protokół, dokumentację dotyczącą kwestionowanych transakcji oraz informację o dacie doręczenia, aby możliwe było ustalenie dostępnych działań i terminów.

---

Inne usługi